硬盘柜的各项参数中，系统兼容性指标无法量化，最不直观，也最容易被忽视。但不可否认的是，实际应用场合中除了性能功耗和可靠性问题，最让人头疼的是系统兼容性问题，表现为各种场景下盘无法识别、不兼容某些型号主板、操作系统无法兼容等问题。站在用户角度，硬盘柜盘的性能、功耗、可靠性设计得都不错，测试出来的成绩单很漂亮，但就是系统兼容性差，再好的盘放到电脑上就变砖，看上去就是漂亮的花瓶，中看不中用。所以渐渐地用户开始重视系统兼容性问题，在硬盘柜引入前期用比较强的测试覆盖去验证和观察系统兼容性。
从技术上系统兼容性问题归类为如下几类。
1．BIOS和操作系统的兼容性
硬盘柜上电加载后，主机BIOS开始自检，主机中的BIOS作为第一层软件和硬盘柜进行交互：第一步，和硬盘柜发生链接，SATA和PCIe走不同的底层链路链接，协商（negotiate）到正确的速度上（当然，不同接口也会有上下兼容的问题），自此主机端和硬盘柜连接成功；第一步，发出识别盘的命令（如SATA Identify）来读取盘的基本信息，基本信息包括产品part number、FW版本号、产品版本号等，BIOS会验证信息的格式和数据的正确性，然后BIOS会走到第三步去读取盘其他信息，如SMART，直到BIOS找到硬盘上的主引导记录MBR，加载MBR；第四步，MBR开始读取硬盘分区表DPT，找到活动分区中的分区引导记录PBR，并且把控制权交给PBR……最后，硬盘柜通过数据读写功能来完成最后的OS加载。完成以上所有这些步骤就标志着BIOS和OS在硬盘柜上电加载成功。任何一步发生错误，都会导致硬盘柜交互失败，进而导致系统启动失败，弹出Error window或蓝屏。
对硬盘柜而言，其功能已经通过了白盒黑盒测试，但上述的加载初始化流程以及特定的BIOS和OS版本结合的相关功能测试并没有覆盖到，所以涉及这些功能有时可能会导致硬盘柜设备加载失败。
由于现实世界中有太多的主板型号和版本号，一块兼容性良好的硬盘柜需要在这些主机上都能正常运行。从测试角度来看，系统兼容性认证包括以下各个方面：
·OS种类（Windows、Linux）和各种版本的OS；
·主板上CPU南北桥芯片组型号（Intel、AMD）和各个版本；
·BIOS的各个版本；
·特殊应用程序类型和各个版本（性能BenchMark工具、Oracle数据库……）。
